อันตรายที่เกิดขึ้นจากการใช้ยา ได้แก่
- การแพ้ยา หมายถึง การแพ้ยาก็เหมือนกับการแพ้อื่นๆ คือ ร่างกายจะต้องเคยได้รับยานั้นมาก่อนอย่างน้อย 1 ครั้ง หลังจากนั้นร่างกายจะสร้างสารแอนตี้บอดี้ Antibody ต่อ ยาหรือสารนั้นๆ เมื่อได้รับยานั้นอีก Antibody นั้นก็เริ่มแสดงบทบาท ทำให้เกิดการแพ้ ซึ่งมีระดับความรุนแรงได้แตกต่างกัน และด้วยความเร็วที่แตกต่างกัน
อาการที่ปรากฏมีตั้งแต่อาการทางผิวหนัง เป็นผื่นคัน ลมพิษ ผิวเกรียมไหม้ ปากไหม้ บวม หอบ หยุดหายใจ จนถึงตายได้ อาการจะปรากฏเฉพาะบางคน และเฉพาะบางชนิดของยาเท่านั้น ถ้ามีการแพ้ยาให้หยุดใช้ยาทันที และปรึกษา บุคลากรสาธารณสุข

- ผลข้างเคียงของยา คือ อาการที่ไม่พึงประสงค์ที่เกิดขึ้นกับคนไข้ เมื่อใช้ยาในขนาดที่รักษา โดยไม่ได้ทานยาเกิน
ขนาด หรือผลร่วมกับการทานยาตัวอื่น เช่น ยาลดน้ำมูก มีฤทธิ์ไม่พึงประสงค์คือ ทำให้ง่วงนอนด้วย ดังนั้น ควรศึกษาอาการ
ข้างเคียง เพื่อป้องกันอันตรายที่อาจเกิดขึ้นด้วย มีอุบัติเหตุจำนวนไม่น้อยที่ผู้ขับขี่ยวดยาน หรือผู้ทำงานที่เสี่ยงอันตราย
ต้องประสบเนื่องจากรับประทานยาลดน้ำมูกนี้
- การติดยา ซึ่งเมื่อขาดยา จะทำให้เกิดอาการผิดปกติขึ้น หรือการเสพยาอย่างต่อเนื่องเป็นระยะเวลานาน
ก็จะก่อให้เกิดโรค ที่รุนแรงเพิ่มขึ้น

พิษของยาโดยตรงที่หลีกเลี่ยงไม่ได้ ได้แก่
- พิษต่อตับ เช่น พาราเซตามอล
- พิษต่อไต เช่น ซัลฟา
- พิษต่อกระเพาะอาหาร เช่น แอสไพริน สเตียรอยด์ (เพรดนิโซโลนเด๊กช่าเมทาโซน)
- พิษต่อหูภายใน เช่น กานามัยซิน สเตร็บโตมัยซิน
- พิษต่อการสร้างเม็ดเลือด เช่น ไดพัยโรน คลอแรมเฟนิคอล เฟนิลบัวดาโซน
- พิษต่อทารกในครรภ์ ได้แก่ ยาเกือบทุกชนิด แม้กระทั่งวิตามินเกินขนาด ฯลฯ

- การดื้อยา เป็นภาวะที่เชื้อโรคต่าง ๆ ที่เคยถูกทำลายด้วยยาชนิดหนึ่ง ๆ สามารถปรับตัวจนกระทั่งยานั้นไม่สามารถทำลาย ได้อีกต่อไป เชื้อโรคที่ดื้อยาแล้วจะสามารถถ่ายทอดคุณสมบัตินี้ไปยังเชื้อโรครุ่นต่อไป ทำให้การใช้ยาชนิดเดิมไม่สามารถใช้ทำลายหรือรักษาโรคได้ ดังนั้นจึงควรใช้ยาให้ครบตามขนาดของยาที่แพทย์กำหนดและไม่ควรซื้อยามาใช้เอง